23  Paso 1: descargando la secuencia de la IRAK2 humana y una primera aproximación a la modelación

Ve a EBI Search y escribe IRAK2 en el cuadro de búsqueda. Encuentra la IRAK2 humana y descarga su secuencia en formato FASTA, o copia la secuencia de aquí:

>sp|O43187|IRAK2_HUMAN Interleukin-1 receptor-associated kinase-like 2 OS=Homo sapiens GN=IRAK2 PE=1 SV=2 MACYIYQLPSWVLDDLCRNMDALSEWDWMEFASYVITDLTQLRKIKSMERVQGVSITRELLWWWGMRQAT
VQQLVDLLCRLELYRAAQIILNWKPAPEIRCPIPAFPDSVKPEKPLAASVRKAEDEQEEGQPVRMATFPG
PGSSPARAHQPAFLQPPEEDAPHSLRSDLPTSSDSKDFSTSIPKQEKLLSLAGDSLFWSEADVVQATDDF
NQNRKISQGTFADVYRGHRHGKPFVFKKLRETACSSPGSIERFFQAELQICLRCCHPNVLPVLGFCAARQ
FHSFIYPYMANGSLQDRLQGQGGSDPLPWPQRVSICSGLLCAVEYLHGLEIIHSNVKSSNVLLDQNLTPK
LAHPMAHLCPVNKRSKYTMMKTHLLRTSAAYLPEDFIRVGQLTKRVDIFSCGIVLAEVLTGIPAMDNNRS
PVYLKDLLLSDIPSSTASLCSRKTGVENVMAKEICQKYLEKGAGRLPEDCAEALATAACLCLRRRNTSLQ
EVCGSVAAVEERLRGRETLLPWSGLSEGTGSSSNTPEETDDVDNSSLDASSSMSVAPWAGAATPLLPTEN
GEGRLRVIVGREADSSSEACVGLEPPQDVTETSWQIEINEAKRKLMENILLYKEEKVDSIELFGP

Ahora ve al servicio SWISS-MODEL en el Instituto Suizo de Bioinformática. Haz click en el botón ‘Start modelling’ y pega tu secuencia en el cuadro. Haz click en ‘Build model’. SwissModel elegirá plantillas automáticamente basado en la secuencia de proteína alineada más cercanamente que tenga una estructura tridimensional disponible, y modelará la estructura basada en ella (Figura 16).

Figura 16. Resultados del modelo.

23.1 Controles

Hay muchos enfoques para evaluar modelos. Uno es revisar que valores tales como los ángulos de enlace, distancias, etc. en el modelo concuerden con lo que se ha observado en estructuras derivadas experimentalmente. En SWISS-MODEL el puntaje QMEAN z representa un estimado de qué tan comparable es el modelo con estructuras derivadas experimentalmente de tamaño similar. Puntajes QMEAN z alrededor de cero indican una buena concordancia entre la estructura del modelo y estructuras experimentales de tamaño similar. Modelos de baja calidad típicamente tienen puntajes de -4.0 o menos. Los símbolos de “pulgares arriba” y “pulgares abajo” al lado del puntaje se usan para indicar si el modelo es de buena calidad o no (Swiss Institute of Bioinformatics s. f.). Otro enfoque es tener en cuenta las observaciones de la calidad del método de alineamiento y búsqueda de plantillas (esto es representado en el puntaje GMQE (Global Model Quality Estimation)). El puntaje GMQE refleja la precisión esperada de ese alineamiento y se expresa como un número entre 0 y 1 donde números mayores indican mayor confiabilidad (Swiss Institute of Bioinformatics s. f.). Para más información lee las páginas de documentación de SWISS-MODEL.