19  Ejemplo guiado 2: ¿Tiene la ZAP70 de oveja una tirosina quinasa activa?

19.1 Escenario

Melissa está trabajando en un programa de descubrimiento de medicamentos para crear nuevos inhibidores de ZAP70 para su uso en enfermedades autoinmunes. Gegorio, un químico médico en su grupo, ha sintetizado una serie de inhibidores de proteína tirosina quinasa. Ella necesita diseñar un ensayo celular para ver cuál de los inhibidores de Greg inhibe a la tirosina quinasa ZAP70. Ella tiene acceso a células T primarias de los siguientes animales:

• Ratón
• Rata
• Oveja

Para decidir cuál de sus modelos tiene una proteína ZAP70 más cercanamente relacionada a la humana, ella ha decidido hacer un rápido alineamiento múltiple de secuencias. Usando EBI search, ella localizó las secuencias canónicas (isoforma 1) para las proteínas ZAP70 humana, de ratón, de rata y de oveja. Para cada una, ella descargó la secuencia de proteína en formato FASTA. Luego, ella realizó un alineamiento múltiple de secuencias de estas proteínas usando la herramienta Clustal Omega. Puedes repetir su experimento si quieres.

Con base en este alineamiento, Melissa decidió usar células T de oveja para su ensayo pero ella quiere revisar que la ZAP70 de oveja tenga un dominio tirosina quinasa antes de gastar tiempo llevando a cabo un ensayo. Para esto vamos a usar una herramienta llamada InterProScan. Esta herramienta compara tu secuencia elegida con todas las secuencias en InterPro, un recurso que provee análisis funcional de secuencias de proteínas clasificándolas en familias y prediciendo la presencia de dominios y sitios importantes. Si te gustaría aprender más sobre InterPro antes de continuar, puedes leer el Tour Rápido de InterPro o seguir el tutorial de InterPro. Si andas corto de tiempo puedes simplemente leer la sección sobre búsqueda de secuencias en el tutorial de InterPro.