15 Búsqueda
Tal vez el tipo más simple de experimento bioinformático que puedes realizar es buscar en las bases de datos públicas la información sobre un gen o una proteína en específico. Con EBI Search, puedes buscar a lo largo de un gran número de bases de datos públicas de manera simultánea, sin necesidad de saber de antemano cuál base de datos es más relevante para ti (Figura 11).
Para aprender a usar la búsqueda simple de EBI Search, mira este corto video (en inglés) con Anna Swan, directora sénior de formación científica del EMBL-EBI.
15.1 Controles
Llevar a cabo una búsqueda simple no es necesariamente un experimento y por lo tanto no necesita un control. Sin embargo, tan pronto como uses los resultados de una búsqueda para responder a una pregunta biológica, se convierte en un experimento. Por ejemplo, si quieres encontrar todas las secuencias de proteína con la palabra clave ‘globin’ (globina), esto es una búsqueda, no un experimento. Pero si quieres encontrar qué proteína quinasas i) hacen parte de una ruta de reacción en particular y ii) están sobrerreguladas en un estado particular de una enfermedad, esto es un experimento y deberías añadir algunos controles para corroborar que estás sacando las conclusiones correctas de los resultados. Por ejemplo, podrías corroborar si tus términos de búsqueda mapean a otras rutas no relacionadas. Podrías también mirar si tus términos de búsqueda están asociados correctamente a la entrada biológica (¿puedes, por ejemplo, encontrar los mismos términos en entradas relacionadas?).
Para aprender cómo usar EBI Search para estudiar dianas potenciales, sigue el ejemplo guiado sobre ZAP70.