5  Estándares mínimos de información

Los estándares mínimos de información son conjuntos de pautas y formatos para reportar datos derivados de métodos específicos de alto rendimiento. Su propósito es asegurarse que los datos generados por estos métodos puedan ser fácilmente verificados, analizados e interpretados por la comunidad científica. Al final, estos facilitan la transferencia de datos desde los artículos de investigación (datos no estructurados) hacia las bases de datos (datos estructurados) en una forma que permita que los datos sean minados a lo largo de múltiples conjuntos de datos. Los estándares mínimos de información están disponibles para una amplia variedad de tipos de experimentos incluyendo microarreglos (MIAME), RNAseq (MINSEQE), metabolómica (MSI) y proteómica (MIAPE). Puedes explorar los estándares de datos disponibles en tu área en FAIRsharing.org.

5.1 MIAME para experimentos de microarreglos

El ejemplo típico de un estándar mínimo de información es el ‘Minimum Information about a Microarray Experiment, Información Mínima sobre un Experimento de Microarreglos’ (MIAME), desarrollado por la Functional Genomics Data Society (FGED; originalmente la Microarray Data Society) (Figura 5). La comunidad que al final se convirtió en la FGED incluyó representantes de laboratorios generando datos de microarreglos (académicos e industriales), repositorios de datos, fabricantes de microarreglos y revistas editoras. Muchas revistas y agencias de financiamiento ahora exigen que los autores que reportan experimentos de microarreglos o experimentos basados en transcriptómica cumplan con el estándar MIAME.

Figura 5. Una representación esquemática de los seis tipos de datos capturados en MIAME; adaptado de la publicación original (Brazma et al. 2001). En esta figura Experimento: el conjunto de experimentos de hibridación como un todo; Arreglo: cada arreglo usado y cada elemento (punto, característica) en el arreglo; Muestra: muestras usadas, preparación del extracto y etiquetado; Hibridación: procedimientos y parámetros; Datos: imágenes, cuantificación y especificaciones; Normalización: tipos, valores y especificaciones de los controles; Cajas blancas: representan enlaces externos.

Los estándares mínimos de información tienen típicamente dos partes. En primer lugar, está el conjunto de requisitos de reporte, típicamente presentados como una tabla o una lista de chequeo. En segundo lugar, existe un formato de datos. La información sobre un experimento necesita ser convertida en el formato de dato apropiado para ser enviada a la base de datos correspondiente. En el caso de MIAME, el formato de datos es provisto en formato de hoja de cálculo (MAGE-TAB). Algunas de las comunidades que mantienen estándares mínimos de información también proveen herramientas para ayudar a los investigadores experimentales a anotar sus datos. Por ejemplo, Annotare le ayuda a los investigadores a construir archivos de anotación compatibles con MIAME basándose en el formato MAGE-TAB.

FAIRSharing.org provee una lista de estándares mínimos de información, etiquetados como pautas de reporte o modelos/formatos.

Brazma, A, P Hingamp, J Quackenbush, G Sherlock, P Spellman, C Stoeckert, J Aach, et al. 2001. «Minimum Information about a Microarray Experiment (MIAME)-Toward Standards for Microarray Data». Nature Genetics 29 (4): 365-71. https://doi.org/10.1038/ng1201-365.