20  Examinando la secuencia de ZAP70 con InterProScan

En este escenario usaremos InterPro para comparar la secuencia de la proteína ZAP70 de oveja con todas las secuencias en InterPro, un recurso que provee análisis funcional de secuencias de proteínas clasificándolas en familias y prediciendo la presencia de dominios y sitios importantes.

>tr|W5PW03|W5PW03_SHEEP Non-specific protein-tyrosine kinase (Fragment) OS=Ovis aries GN=ZAP70 PE=4 SV=1
PRPAAHLPFFYGSISRAEAEEHLKLAGMADGLFLLRQCLRSLGGYVLSLVHEVRFHHFPIERQLNGTYA
IAGGKAHCGPAELCEFYSRDPDGLPCNLRKPCNRPSGLEPQPGVFDNLRDAMVRDYVRQTWKLEGEALE
QAIISQAPQVEKLIATTAHERMPWYHSSLTREEAERKLYSGSQTDGKFLLRPRKEPGTYALSLIYGKTV
YHYLISQDKAGKYCIPEGTKFDTLWQLVEYLKLKADGLIYCLKEACPNSSASSGAAAPTLPAHPSTFTQ
PQRRIDTLNSDGYTPEPVRLVSSEKPRTMPMDTSVYESPYSDPEELKNKKLFLKRENLLMADIELGCGN
FGSVRQGVYRMRKKQIDVAIKVLKQSTEKGDKDEMMREAQIMHQLDNPYIVRLIGVCQAEALMLVMEMA
GGGPLHKFLVGKKEEIPVSNVAELLHQVSMGMKYLEEKNFVHRDLAARNVLLVNRHYAKISDFGLSKAL
GADDSYYTARSAGKWPLKWYAPECINFRKFSSRSDVWSYGVTMWEAFSYGQKPYKKMKGPEVMAFIEQG
KRMECPPEC

Primero, vamos a InterPro, luego copia y pega la secuencia en el cuadro de búsqueda de InterPro, como se muestra abajo, y haz click en el botón “Search”. Tu búsqueda tomará un tiempo en correr; se paciente.

Figura 15. Búsqueda por secuencia en InterPro.

En la parte superior de los resultados, verás noticias tranquilizadoras de que la isoforma ZAP70 de oveja es de hecho un miembro de la familia de la tirosina proteína quinasa. Al desplazarte hacia abajo verás que tiene dos dominios SH2 y un dominio proteína tirosina quinasa (ve el video de abajo sobre los resultados). Una cosa para revisar es si nuestra secuencia concuerda con los patrones para el sitio activo y el sitio de unión a ATP, dado que cualquier mutación en esta área puede hacer a la proteína enzimáticamente inactiva. En este caso, sin embargo, podemos ver que la isoforma ZAP70 de oveja contiene el perfil proteíco tanto para el sitio de unión a ATP como para el sitio activo (hacia el final de la página).

¡Melissa debería poder utilizar células de oveja en su ensayo para probar inhibidores de tirosina proteína quinasa!