22  Ejemplo guiado 3: Construyendo un modelo estructural basado en similaridad de secuencias

El modelamiento por homología es el proceso de estimar una estructura teórica de una proteína construyendo una plantilla estructural a partir de secuencias homólogas y ajustar tu secuencia a esta plantilla y optimizarla.

22.1 Escenario

Juliana está interesada en quinasas asociadas al receptor de la interleuquina 1 (IRAKs, por sus siglas en inglés) como posibles blancos para terapia contra el cáncer. Muchas mutaciones en IRAK2 están asociadas con diferentes tipos de cáncer, de tal forma que a Juliana le gustaría investigar IRAK2 como un posible nuevo blanco. Hay unas cuantas pequeñas moléculas inhibidoras disponibles para proteínas relacionadas y Juliana quiere saber si estas se podrían unir a IRAK2. Sin embargo, no hay una estructura cristalográfica disponible para el dominio quinasa de IRAK2, así que Juliana quiere modelar la estructura para ver si es probable que se parezca a las estructuras 3D de otras IRAKs.