CRISPRCasFinder

Una herramienta para encontrar y caracterizar sistemas CRISPR en genomas procariotas

CRISPRCasFinder (Couvin et al. 2018) es un programa para identificar y clasificar sistemas CRISPR en genomas procariotas. Te permite, además de saber en qué parte del genoma hay sistemas CRISPR, saber su clasificación según los diferentes tipos y subtipos (Makarova et al. 2020), su posible orientación, el número de espaciadores e información sobre las repeticiones.

CRISPRCasFinder se puede usar a través de su versión online, pero también puede instalarse para usarlo de manera local.

Aquí te dejamos una infografía sobre su funcionamiento:

Puedes descargar la infografía en formato PDF en este enlace.

Referencias

Couvin, David, Aude Bernheim, Claire Toffano-Nioche, Marie Touchon, Juraj Michalik, Bertrand Néron, Eduardo P C Rocha, Gilles Vergnaud, Daniel Gautheret, y Christine Pourcel. 2018. «CRISPRCasFinder, an Update of CRISRFinder, Includes a Portable Version, Enhanced Performance and Integrates Search for Cas Proteins». Nucleic Acids Research 46 (W1): W246-51. https://doi.org/10.1093/nar/gky425.

Makarova, Kira S., Yuri I. Wolf, Jaime Iranzo, Sergey A. Shmakov, Omer S. Alkhnbashi, Stan J. J. Brouns, Emmanuelle Charpentier, et al. 2020. «Evolutionary Classification of CRISPR-Cas Systems: A Burst of Class 2 and Derived Variants». Nature Reviews. Microbiology 18 (2): 67-83. https://doi.org/10.1038/s41579-019-0299-x.